大多数“小三阳”肝炎是由“大三阳”肝炎转变而来，这一过程需要经历几十年。
“大三阳”时乙肝病毒是怎样被清除的?人体感染乙肝病毒后，发育出一种专门清除乙肝病毒的淋巴细胞，这种专一的淋巴细胞能够准确认识乙肝病毒。专一的淋巴细胞看清楚在肝细胞里面的乙肝病毒后，会发起攻击，于是清除了病毒，但也损伤了肝细胞，转氨酶升高了，就发生了“大三阳”肝炎。
乙肝病毒在“大三阳”肝炎时期，与患者的免疫(淋巴)细胞经过生死较量，是清除与反清除的较量。
在淋巴细胞的免疫压力下，有些乙肝病毒会发生一些改变，病毒受攻击的靶点改变最多。这些改变，也就是病毒变异，使专一的淋巴细胞认识不了乙肝病毒，这些变异病毒就逃脱了清除。
“小三阳”肝炎患者的免疫系统在与乙肝病毒的斗争中，长期处于胶着状态：不断清除病毒，不断有病毒漏网，漏网的病毒又不断复制。
乙肝病毒的变异有许多种：有的为了逃避药物控制，叫做耐药变异;有的为了逃避淋巴细胞清除，叫做免疫逃逸的变异。
“小三阳”病毒是能够逃避专一的淋巴细胞攻击的乙肝病毒，被清除的很多，漏网的也不少。